Certamente, non c'è alcuna differenza. L'estensione
php presente nella tua
URL di esempio non riveste alcun interesse particolare per il motore, e viene trattata dunque come il resto dei caratteri che compongono l'URL.
Volendo ampliare il discorso, direi piuttosto che potrebbe essere utile rimuovere del tutto l'indicazione index.php, dato che non fornisce informazioni utili e si tratta dunque di un'inutile aumento della lunghezza dell'URL.
Un'URL nel formato sito.it/blog/2010/benvenuti-su-blog è preferibile dato che, essendo più corta, evita di diluire le informazioni relativa alle eventuali
keyword presenti. Ma si tratta comunque di una questione del tutto slegata dall'estensione dei file.