Arrivati in un oceano sopra le nuvole, la ciurma di Luffy viene attaccata da uno strano individuo mascherato, che grazie al fatto che Zoro, Sanji e Luffy non sono ancora abituati all’aria rarefatta riesce facilmente a batterli. Ad aiutarli arriva il Cavaliere celeste, Gan Forr, in sella a Pierre. Arrivati alla porta celeste, la ciurma di Luffy decide di entrare a Skypiea senza pagare la tassa d’ingresso di un miliardo di extoll a testa. Di questo fatto la guardiana avvisa il Supremo e i suoi sacerdoti.

La Going Merry arriva a Skypiea, e attracca in una spiaggia, qui subito fanno conoscenza con Konis e suo padre Pagaya che mostra loro i Dayan, specie di conchiglie che assorbono fuoco, vento, odori, calore, colpi, e altro ancora, per poi rilasciarli a comando. Grazie a uno di questi Dayan funziona il Weaver, uno scooter d’acqua.

Nami con il Weaver arriva vicino all’Upper Yard, luogo sacro dove vive il Supremo, mentre il resto della ciurma viene attaccato dalla polizia di Skypiea.
I berretti bianchi, la polizia di Skypiea, non si rivelano un grande problema per la ciurma di Luffy.
Mentre cercano di fuggire, Robin, Chooper, Zoro e Nami vengono presi in ostaggio dal Supremo, il Dio Enel.
Konis accompagna Luffy, Sanji e Usop ad una barca, ma li avvisa che si tratta di una trappola.

Luffy, Usop e Sanji arrivano all’Upper Yard per cercare i loro compagni. Nel frattempo Nami, Zoro e Robin esplorano il luogo, mentre Chooper resta di guardia alla Going Merry.
Appare un primo nemico da affrontare, Satori.

Luffy, Sanji e Usop si trovano ad affrontare Satori, che col suo potere del Mantra si rivela un osso duro.
Nel frattempo Chooper si trova ad affrontare un pericoloso nemico, Shura, che comincia a distruggere la Going Merry, Chooper fa il possibile per evitare tutto ciòe usa il fischietto per chiamare Gan Fall in suo aiuto.
Intanto Satori viene sconfitto da Luffy e Sanji che possono cosìcercare i loro compagni.

Cooper viene salvato dall’intervento di un gigantesco uccello del Sud, che gli rivela che un tempo Gan Fall era il Supremo. Intanto Zoro, Robin e Nami scoprono il motivo per cui l’Upper Yard èdi solida terra, esso èla metà mancante dell’isola di Jaya di cui aveva parlato Norland il bugiardo. Nel frattempo gli Shandians attaccano l’Upper Yard.
Comincia cosìl’attacco degli Shandians. Finalmente la ciurma èriunita, e si raccontano ciòche hanno visto e scoperto.
In un momento di tranquillità Gan Fall racconta alla ciurma la storia dell’Upper Yard.
Enel, il Supremo fa una previsione su quante persone sopravviveranno fino alla fine della guerra, solo cinque.
Luffy, Robin, Chopper e Zoro incontrano un pitone gigantesco mentre cercano le rovine.
Wiper sconfigge Shura e parla dell’obiettivo degli Shandians.
Zoro si scontra con Braham, un guerriero Shandian e lo sconfigge.

Luffy combatte contro Wiper, ma ad un certo punto cade dentro delle rovine sotterranee. Nel frattempo Enel appare sulla Going Merry e dopo aver rivelato che il suo obiettivo èla Città d’Oro mette al tappetto Usop e Sanji e se ne va lasciando sulla nave Hotori e Kotori, i fratelli di Satori, pronti a vendicarlo.

Chopper viene attaccato da Gedatsu, ma lo batte. Konis e Pagaya aiutano Aisa, arrivano all’Upper Yard.
Enel sconfigge numerosi membri della tribù degli Shandian. Intanto Gan Fall sconfigge Kotori e Nami sconfigge Hotori.
Mentre Robin cerca le rovine di Shandora viene attaccata da Yama, ma lo sconfigge facilmente.
Arriva un nuovo nemico, Ohm.
Continua il combattimento tra Ohm, Zoro, Gan Fall e Wiper. Nami viene inghiottita dal pitone gigante, cosìpure Gan Fall e Aisa.
Ohm crea una barriera di filo spinato tutto intorno all’area dove sta combattendo. Laki viene sconfitto da Enel.
Zoro finalmente sconfigge Ohm. Intanto Pagaya e Konis sentono la terribile verità sull’obiettivo di Enel, eliminare tutti gli abitanti del cielo.
Enel appare per ridurre il gruppo dei superstiti e far avverare cosìla sua previsione.

Enel attacca Gan Fall e Robin, anche Zoro stà per cedere, ma Wiper ha un arma segreta per sconfiggere Enel.
Enel sconfigge anche Zoro e Wiper. Dopo aver visto tutto ciòNami segue Enel fino ad una grotta dove si trova l’arca Maxim. Intanto finalmente Luffy riesce ad uscire dal serpente gigante con Aisa, e trovano le persone sconfitte da Enel.

Luffy e Enel cominciano a combattere. Intanto Konis avvisa gli angeli del pericolo che corre l’isola del cielo.
Enel avvia il macchinario che potrebbe determinare la fine dell’isola del cielo.
Luffy cade dall’arca, e Nami comincia a combattere contro Enel. Sanji e Usop cercano un modo per salvarla.
Usop e Sanji salgono sull’arca con il Weaver per salvare Nami.
I potentissimi fulmini di Enel cominciano a cadere sull’isola del cielo mentre l’evacquazione dei suoi abitanti è ancora a metà .
Wiper comincia a pensare alla storia di Norland e Calgara.
Norland e Calgara si divertivano assieme, cosìpure gli abitanti del villaggio con la ciurma di Norland, ma tutto cambiòun giorno, gli abitanti del villaggio cominciarono ad odiare i loro nuovi amici.
Viene scoperta e chiarita la ragione di quest’odio improvviso. Calgara promette di incontrarsi ancora con Norland.
L’isola degli Angeli viene distrutta dagli attacchi di Enel. Luffy decide di suonare la campana d’oro prima che Enel la porti via.
Nami trova un modo per salire sull’arca di Enel, tagliando un Giant Jack. Wiper viene a sapere da Robin che Norland ha un discendente che sta cercando la Città d’Oro, e anche il motivo per cui Luffy vuole a tutti i costi suonare la campana cosìlo aiuta.
Luffy sconfigge Enel suonando l’enorme campana d’oro.

I 400 anni di guerra nell’isola del cielo si avvicinano alla fine. Montblanc Cricket e i fratelli Masira sentono il suono della campana. Gli abitanti del cielo, angeli e shandians, finalmente in pace celebrano la fine della guerra.
Robin decifra il poneglyphs nella campana d’oro e capisce dove trovare il Rio Poneglyph. Scopre inoltre che il poneglyphs nella campana d’oro èstato scritto dal re dei pirati Gol D. Roger. Dopo aver preso un bel po’ d’oro dal serpente gigante la ciurma di Luffy decide di lasciare Skypiea.

Lasciata l’isola del cielo si torna sull’oceano, ma purtroppo la Going Merry atterra proprio in una base della Marina.